關於林毅夫台灣方面謠傳說他是抱著籃球游過去，並且帶著機密文件。
他做了澄清
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2010年，林毅夫接受《紐約客》雜誌採訪時表示，在金門時，他的想法已經經歷一場劇變，只想著：我想讓中國富強，但是絕大部分中國人都住在中國大陸；所以，如果我到大陸，可以有更大的貢獻。林毅夫也首度說出泅海游往大陸的經過，他用自由式游了近三個小時，上了岸，因認為海灘必埋有地雷，不敢擅自走動，便用手電筒打信號，解放軍駐防部隊派出一名士兵逮捕他。

2012年4月，林毅夫回憶當年「叛逃」事件談及外界稱他為「現代吳三桂」，對他有兩大質疑，一個是「傷害很多人」，另外則是「攜帶機密文件到對岸」。

林毅夫表示：「當時政府以人間蒸發的方式把影響降到最低，原先的營長高華柱仕途未受影響，離開時的營長侯金生也正常退伍，旅長、師長也從中將、上將退伍」，並認為「選擇1979年5月16日離開，是很困難的選擇，因為女兒尚未出世。」他表示，「我在2月16日離開高營長（高華柱），因為當時規定一個人離開三個月，過去的長官不負政治責任，到任不到三個月，當時的長官也不用負責；選擇當天離開，兩位長官因此沒事。」
林毅夫憶述，當時到大陸只帶兩種東西，一個是能證明他是中華民國軍官的證件，另外則是水壺、救生衣等救生用品，沒帶四顆籃球和機密文件渡海。並略為激動的說：「有沒有帶機密文件，兩邊國防部都可以查。此外，他服役的連上沒有四顆籃球，而且游泳怎麼馱著四個籃球，重點是連上並沒有那些機密文件。
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同是台灣大學校友的鄭鴻生也認爲，林毅夫「雖然對國府的幻想破滅，但並沒有失去對臺灣前途的關切，而他新認識到的臺灣前途卻是在於中國的統一。......，這也是他當時冒著九死一生游到對岸的心志所在」。當時就讀台大哲學系、也參與校園運動的鄭鴻生表示，他相當程度可以理解林毅夫入伍之後的驚人之舉；當過兵的人，或多或少體會過軍隊體制的腐敗與落後，熱血青年林毅夫受到的衝擊肯定更大，「那個年代，對國民黨理想破滅的人多得是，有人加入黨外，那他在部隊裡怎麼辦？他有個機會在前線。」